Модуль с главным меню в protostar по умолчанию помещается в Position-7 . Он настроен для меню. Вы увидите это меню в правой колонке страницы. Для изменения меню на горизонтальное необходимо сделать некоторые настройки.
Для показа горизонтального меню идем в админке джумлы Расширения (Extensions) > Менеджер модулей (Module Manager) и выбираем нужное меню.
На вкладке Настройки в дополнительных (Advanced) выставляем положение модуля на Position-1.
В поле суффикс класса меню " nav-pills". Пробел перед первой буквой обязателен для joomla 3.х
Горизонтальное меню появится под хэдером.
Настроить под себя отображение меню можно в template.css:
.nav-tabs > li, .nav-pills > li
.nav-tabs > li > a, .nav-pills > li > a
Ответы на другие вопросы по шаблону Protostar для joomla на офсайте создателей шаблона: bj.zemplate.com/protostar-responsive-template, правда только на английском.