Когда у вас есть контент на странице и к нему код, Ява код, который призван управлять какими – либо опциями, выводить что-то, то само собой надо чтобы этот код был в странице. То есть его сценарий выполнялся на странице.  При этом возможно два варианта исполнения этого кода. Первый, когда сам Ява код (скрипт) весь прописан тут же на страничке и тут же выполняется. Второй, когда скрипт тянется с сервера, а потом выполняется.
 Обычно javascript-код вообще не пишут в HTML, а подключают отдельный файл со скриптом. Видимо это связано с тем, чтобы не «напортачить» в скрипте через визуальный редактор, а также чтобы не грузить страничку кодом, который ни к чему при частых оперативных вмешательствах.  В общем мало ли какие могут быть причины…

Так вот, как же вызвать Ява скрипт? По сути легко.  Надо вставить в страничку следующее:

<script src="/my/script.js"></script>

При этом файл my/script.js содержит javascript-код, который мог бы находиться внутри тега <script>, но мы его теперь сделали отдельным файлом и закинули на сервер, откуда он и тянется.
Чтобы все работало, обратите внимание на следующее:

-  правильность написания пути;
-  права на файл со скриптом;
-  правильность оформления файла со скриптом.

 Вот тут мы подошли к вопросу, что уж коли мы «отщипились» от странички, то как-то надо оформить наш скрипт обособленно. Как же сделать файл JS? Об этом далее.

Как сделать файл JS и правильно оформить

 Здесь все просто. Когда хотим вынеси скрипт отдельно, то вставляем скрипт в блокнот, при этом удаляя его со страницы.  То есть в тот самый блокнот, который нам сохраняет файлы txt.  Потом при сохранении ставим формат JS, или меняем формат файла уже на сервере. Это без разницы. Вот и все. У нас получился отдельный файл  JS, именно его и надо будет вызывать там, откуда мы его «сняли».
 Чтобы все работало, обратите внимание на следующее:

- В файле не прописываем!!!

<script>…</script> 

То есть пишем только скрипт, без подобного вступления и окончания. Это остается на странице. Смотри абзац выше;
- сохраняем текстовый файл в том формате, ANSI, UTF-8…. на каком у вас работает сервер. Иначе будут кракозябры.

Теперь все!