Решение для версии phpbb 3.0.9, в более ранних версиях возможен баг, из-за которого не задать значки тем без исправления кода. Подробности исправления бага мне были не нужны, поэтому здесь их не будет.
Загружаем изображения (значки) в папку images в корне форума.
Вкладка Форумы - жмем "изменить" напротив форума, которому нужно назначить иконку - в поле "Значок форума" указываем относительный путь к изображению от корня форума, например images/vash_znachok.jpg - жмем "Отправить"
Если возникает ошибка: Указанное изображение форума не существует, проверьте локализацию картинок, они должны находиться именно в папке images или во вложенной в нее, в корне форума.